大部分的時候，我們所說的五筆輸入法是指的86版，那么五筆98版與86版有什么區別呢？
王碼五筆98版對王碼五筆86版大致作了如下一些改進：
① 在字根——碼元方面：
A．98版所選用的碼元（259個）比86版的字根（234個）多，而且作了多方面科學、合理的調整；于是相比之下，從漢字中取出碼元就更容易辨識、更容易拆分，使取碼比先前更便捷、快速。
B．廢除了一些似是而非的“強扭碼元”，向著規范化方向邁進了一步。這樣做，能消除用戶對該編碼的別扭感，減少對該編碼學習難度。
② 在取碼規則方面：
A．98版比86版選用了更多的“重心碼元”與“多筆碼元”，使得在取碼時減少了對一些碼元的拆分，使得取碼更順暢、便捷；此外，把“筆畫向前湊”改為“筆畫往后靠”，也能使取碼更順暢、便捷一些，這些也是為提高輸入速度所作的改進。
B．改變了一些取筆畫碼的順序，使得取筆畫碼的順序與漢字的書寫順序保持一致，糾正了在86版中的一些取碼錯誤，也向著規范化方向邁進了一步。
③ 在簡碼的編碼排方面：在86版五筆編碼中，簡碼重復的現象比較多。
例如“民主中要這同不為經”這9個是既有一級簡碼又有二級簡碼的漢字，其中“民主中要這”這5個漢字同時有一、二、三級簡碼、“同經”這2個漢字同時有一、二、三級簡碼及四級全碼；而有二級簡碼的600多個漢字差不多都有三級簡碼。編碼的這種編法在98版中已被改變，使簡碼重復的現象大為減少，從而減少了“編碼位置”的浪費，使更多一些的漢字編排上了二、三級簡碼，使重碼漢字也有所減少，有利于提高漢字的輸入速度。
④ 在詞組方面：98版的詞組比86版多且更合理，這對提高輸入速度來說無疑也是有利的。
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